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4月, 2018の投稿を表示しています

Arch linuxのネットワーク問題

Hyper-vでArchを入れましたが、外部スイッチはちゃんと設定しているはずなのに
pingがうまくいかない問題。


ip addr
で誰がいるか確認をして、
sudo ip link set eth_hoge up
として念のためupにさせて、
最終的に
dhcpcd eth_hoge
としてあげたらpingが通るようになりました。
dhcpのためのclientが自動で動いていなかった、という理解でいいと思われる。

これで無事デスクトップ環境をいれることができそう。

macOSのxargsは空白行を無視する

GNUは-r オプションでそれを防げるが、
BSD版ではそれが標準ではついてない。

https://stackoverflow.com/questions/17402345/ignore-empty-results-for-xargs-in-mac-os-x


...かなしい。。

plotlyで図を描いた

アカウントを作ってAPIとデータストリームトークンを発行したら、
ここにあるように~/.plotly/.credentialsに書き加えておく。
https://plot.ly/python/getting-started/


このテストを動かしてみたところ、無事ブラウザから見られた。
https://plot.ly/python/network-graphs/


しかし、やっぱりWeb経由してplotlyのサーバーで図になる、なんてちゃんちゃらめんどうだ。
plotlyのサービスを初見で「めんどくさそうだな」と思った記憶があるけれど、
やっぱり面倒だ。

pythonでネットワークの絵が描きやすいpackage募集。

ReactomePAのエラー

factorがduplicatedしてるよと以下のように怒られるエラー。

(Error in levels <- ... factor level is duplicated Calls: ... fortify.enrichResult -> fortify.internal -> factor)


遺伝子セットは完璧にuniqueになっているのに、どうしても消えない。
ソースコードをみると、fortify-internalでDescriptionをfactor化しているときにエラーが入っている模様。

issueにあったけど解決してないようなので(すごい対応だなと笑った)、
https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/116

無理やりEnrichの結果からDescrpitionが重複しているものをresultから除く処理を入れたよ。 https://gist.github.com/carushi/cc82d623af80d633539022aabbc32d2a

pandas ⇄ UTF-8 ⇄ Excel

pandasで読むとき

with codecs.open(bfile, "r", "UTF-8", "ignore") as file:    df2 = pd.read_table(bfile, delimiter=",")

pandasで書くとき(Excelが読んでくれるようにBOMつきで)

df2.to_csv(ofile, encoding='utf-8-sig')

Slackのショートカットを覚えよう

日常的に使うようになって1年ぐらい経ったのでいい加減ショートカットを覚える気になりました。


とりあえず使えそうなのは

alt 上下 チャンネル移動cmd shift [ or ] ワークスペース移動cmd 1,2, 同じくワークスペース移動cmd k スイッチャー用のウィンドウ開くcmd shift k DMcmd / ショートカットのヘルプ表示上下 メッセージ移動cmd ,  preferenceshift enter 新しいメッセージを入力
あとはスラッシュコマンドの中で使えそうなもの /shrug かわいい/remind つかったことない/away 離席中にする/active アクティブにする https://get.slack.help/hc/ja/articles/201259356-スラッシュコマンド
この辺りは使えるようになろう( ´∀`)bグッ! しかしslackは練習するのが怖いな...練習用ワークスペースが必要...


あとひょんなことからtmuxのpaneのswapのショートカットを見つけた
https://superuser.com/questions/879190/how-does-one-swap-two-panes-in-tmux
べんり。

Windows10 + Hyper-v + Arch linux

FreeBSDと迷ったけど、linux環境が欲しかったのでHyper-vでArchを入れた。
Ryzen + NVIDIAのTitan 1080 tiというイケてるデスクトップを手に入れたので、環境構築中です。
前回のブログのリンクは切れているものが多かったので、また新しくググり直し。
(Archは変化が早いので大変。。)

1. コントロールパネルからHyper-v を有効にする

プログラム -> Windowsの機能の有効化または無効化 -> Hyper-v

このとき、仮想化できない場合はBIOSから以下の設定が必要。

2. CPUの仮想化を有効にする
BIOS画面からCPU configuration -> SVM Mode Enabledで完了

3. ネットワークをつなぐ
仮想スイッチを外部ネットワークでつくる

4. ISOからArch linux を起動!
Partitionの例 https://wiki.archlinux.org/index.php/Partitioning#Discrete_partitions
fdiskでつくるのはむずい https://www.tldp.org/HOWTO/Partition/fdisk_partitioning.html
Partitionをcfdiskでやる https://www.ostechnix.com/install-arch-linux-latest-version/
設定参考 https://netfxharmonics.com/2015/02/archsetup
3番目にならってext4でやりました。UEFI/GPT example layoutだとbootのパーティションわけるんですな。メモリがめちゃくちゃでかいサイズあるので果たしてメモリ分割がこれで適切なのかはまったくわかっていない。

5. GUI インストール
http://note.kurodigi.com/post-0-20/
xorg-serverはなくなったのだった...
https://github.com/deadhead420/anarchy-linux/issues/319


6. なぜかうまくいかない
ディスクがいっぱいでpacmanできないよといわれる。
genfstabがうまくいっておらず、マウント環境が…

CAGErを動かす

RECLUのスクリプトがバグでtempファイルの衝突が起きて動いてくれないため、
bioconductorのCAGErのパッケージでデータを処理しようとしている。

getCTSSでのbamファイルの読み込み中に
"Error in loadFUN"
"trying to load regions beyond the boundaries of non-circular sequence "hoge""
というエラーが出て困った。

しかし、示されたhoge染色体のリードを抽出してみても、ゲノムサイズをはみ出ているものはなく。。
何度か試してみたところ、止まったり止まらなかったりすることがわかった。

一番メモリをくうブラウザを切って走らせてみたところ、
もっとも多くのファイルをエラーなく読み込めたことから、
メモリが足りないときにBSgenomeに対応するメモリが確保できないかなにかで
このエラーが出ているのではないかと推測しました。


とりあえずの解決策として、
全データの読み込みはあきらめて、replicateごとにデータを分割して読み込み
ctssをファイルに出力する方式でいってみます。ʕ ◔ϖ◔ʔ


新年あけました!

新年度です、本年もどうぞ宜しくお願いします(笑)

新年度第1発目のお仕事は報告書書きです。
今年から?またアメリカに修行に行くことになったので、
早く共同研究のデータのまとめにも入れるようにがんばります。


http://www.usupi.org/sysad/242.html

シンボリックリンクはパスによる共有、
ハードリンクはinodeによる共有なので同種のファイルシステム内ということを理解した。

(シンボリックリンクがうまくいかなかったマンでしたが、
原因は結局他にあった)