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Pythonのオブジェクト一覧

Rのobjects()みたいな関数が欲しいと思ったんだけど、
ググり方が悪かったのかなかなか見つからなかった。

https://stackoverflow.com/questions/4458701/how-to-get-the-list-of-all-initialized-objects-and-function-definitions-alive-in

最終的にlocals, globalsでなんとかなりそう。
gcはオブジェクトのメンバー変数なんかまで調べるのに適していそうな気配。

Arch linuxのネットワーク問題

Hyper-vでArchを入れましたが、外部スイッチはちゃんと設定しているはずなのに
pingがうまくいかない問題。


ip addr
で誰がいるか確認をして、
sudo ip link set eth_hoge up
として念のためupにさせて、
最終的に
dhcpcd eth_hoge
としてあげたらpingが通るようになりました。
dhcpのためのclientが自動で動いていなかった、という理解でいいと思われる。

これで無事デスクトップ環境をいれることができそう。

macOSのxargsは空白行を無視する

GNUは-r オプションでそれを防げるが、
BSD版ではそれが標準ではついてない。

https://stackoverflow.com/questions/17402345/ignore-empty-results-for-xargs-in-mac-os-x


...かなしい。。

plotlyで図を描いた

アカウントを作ってAPIとデータストリームトークンを発行したら、
ここにあるように~/.plotly/.credentialsに書き加えておく。
https://plot.ly/python/getting-started/


このテストを動かしてみたところ、無事ブラウザから見られた。
https://plot.ly/python/network-graphs/


しかし、やっぱりWeb経由してplotlyのサーバーで図になる、なんてちゃんちゃらめんどうだ。
plotlyのサービスを初見で「めんどくさそうだな」と思った記憶があるけれど、
やっぱり面倒だ。

pythonでネットワークの絵が描きやすいpackage募集。

ReactomePAのエラー

factorがduplicatedしてるよと以下のように怒られるエラー。

(Error in levels <- ... factor level is duplicated Calls: ... fortify.enrichResult -> fortify.internal -> factor)


遺伝子セットは完璧にuniqueになっているのに、どうしても消えない。
ソースコードをみると、fortify-internalでDescriptionをfactor化しているときにエラーが入っている模様。

issueにあったけど解決してないようなので(すごい対応だなと笑った)、
https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/116

無理やりEnrichの結果からDescrpitionが重複しているものをresultから除く処理を入れたよ。 https://gist.github.com/carushi/cc82d623af80d633539022aabbc32d2a

pandas ⇄ UTF-8 ⇄ Excel

pandasで読むとき

with codecs.open(bfile, "r", "UTF-8", "ignore") as file:    df2 = pd.read_table(bfile, delimiter=",")

pandasで書くとき(Excelが読んでくれるようにBOMつきで)

df2.to_csv(ofile, encoding='utf-8-sig')

Slackのショートカットを覚えよう

日常的に使うようになって1年ぐらい経ったのでいい加減ショートカットを覚える気になりました。


とりあえず使えそうなのは

alt 上下 チャンネル移動cmd shift [ or ] ワークスペース移動cmd 1,2, 同じくワークスペース移動cmd k スイッチャー用のウィンドウ開くcmd shift k DMcmd / ショートカットのヘルプ表示上下 メッセージ移動cmd ,  preferenceshift enter 新しいメッセージを入力
あとはスラッシュコマンドの中で使えそうなもの /shrug かわいい/remind つかったことない/away 離席中にする/active アクティブにする https://get.slack.help/hc/ja/articles/201259356-スラッシュコマンド
この辺りは使えるようになろう( ´∀`)bグッ! しかしslackは練習するのが怖いな...練習用ワークスペースが必要...


あとひょんなことからtmuxのpaneのswapのショートカットを見つけた
https://superuser.com/questions/879190/how-does-one-swap-two-panes-in-tmux
べんり。

Windows10 + Hyper-v + Arch linux

FreeBSDと迷ったけど、linux環境が欲しかったのでHyper-vでArchを入れた。
Ryzen + NVIDIAのTitan 1080 tiというイケてるデスクトップを手に入れたので、環境構築中です。
前回のブログのリンクは切れているものが多かったので、また新しくググり直し。
(Archは変化が早いので大変。。)

1. コントロールパネルからHyper-v を有効にする

プログラム -> Windowsの機能の有効化または無効化 -> Hyper-v

このとき、仮想化できない場合はBIOSから以下の設定が必要。

2. CPUの仮想化を有効にする
BIOS画面からCPU configuration -> SVM Mode Enabledで完了

3. ネットワークをつなぐ
仮想スイッチを外部ネットワークでつくる

4. ISOからArch linux を起動!
Partitionの例 https://wiki.archlinux.org/index.php/Partitioning#Discrete_partitions
fdiskでつくるのはむずい https://www.tldp.org/HOWTO/Partition/fdisk_partitioning.html
Partitionをcfdiskでやる https://www.ostechnix.com/install-arch-linux-latest-version/
設定参考 https://netfxharmonics.com/2015/02/archsetup
3番目にならってext4でやりました。UEFI/GPT example layoutだとbootのパーティションわけるんですな。メモリがめちゃくちゃでかいサイズあるので果たしてメモリ分割がこれで適切なのかはまったくわかっていない。

5. GUI インストール
http://note.kurodigi.com/post-0-20/
xorg-serverはなくなったのだった...
https://github.com/deadhead420/anarchy-linux/issues/319


6. なぜかうまくいかない
ディスクがいっぱいでpacmanできないよといわれる。
genfstabがうまくいっておらず、マウント環境が…

CAGErを動かす

RECLUのスクリプトがバグでtempファイルの衝突が起きて動いてくれないため、
bioconductorのCAGErのパッケージでデータを処理しようとしている。

getCTSSでのbamファイルの読み込み中に
"Error in loadFUN"
"trying to load regions beyond the boundaries of non-circular sequence "hoge""
というエラーが出て困った。

しかし、示されたhoge染色体のリードを抽出してみても、ゲノムサイズをはみ出ているものはなく。。
何度か試してみたところ、止まったり止まらなかったりすることがわかった。

一番メモリをくうブラウザを切って走らせてみたところ、
もっとも多くのファイルをエラーなく読み込めたことから、
メモリが足りないときにBSgenomeに対応するメモリが確保できないかなにかで
このエラーが出ているのではないかと推測しました。


とりあえずの解決策として、
全データの読み込みはあきらめて、replicateごとにデータを分割して読み込み
ctssをファイルに出力する方式でいってみます。ʕ ◔ϖ◔ʔ


新年あけました!

新年度です、本年もどうぞ宜しくお願いします(笑)

新年度第1発目のお仕事は報告書書きです。
今年から?またアメリカに修行に行くことになったので、
早く共同研究のデータのまとめにも入れるようにがんばります。


http://www.usupi.org/sysad/242.html

シンボリックリンクはパスによる共有、
ハードリンクはinodeによる共有なので同種のファイルシステム内ということを理解した。

(シンボリックリンクがうまくいかなかったマンでしたが、
原因は結局他にあった)

pythonのfile.openのフラグ

'w'と'a'ぐらいしか使っていなかったので知らなかったが、

cのfopenと同じ仕様になっているらしい。

https://stackoverflow.com/questions/1466000/python-open-built-in-function-difference-between-modes-a-a-w-w-and-r


そして当然のOS依存。

えいごのべんきょう

また渡米することが決まりました、まずは短期から。
英語は今の所属に移ってから聞き取りとちょっとした質問はできるようになってきましたが、やっぱりしゃべりがさっぱりうまくならないので、この前オンライン英会話を始めてみました。

http://eikaiwa.kakaku.com/online_english/

DMM英会話 まず、DMM英会話に登録して2回無料レッスンをしてみました。
フィリピンやセルビアの人が多く、また初心者も多いようで
レッスンは終始和やかでした。
UIがわかりやすいけれど、人気講師はすぐ埋まってしまうので予約が大変という口コミも見たので、どこまでよい人にあたれるかは不明?

レアジョブ 始めにレッスンを一回受けて、カウンセリング後にもう一回体験できる。 価格.com経由だと7回無料レッスンが受けられるんですが、 カウンセリングメールを無視していたらしばらく後に無料レッスン追加が届きましたー。 ビジネスメインなので雰囲気はかためな分、しゃべったときの文法の間違いはしっかり訂正してくれたり、 TOEFLでよくある「これに対して賛成・反対意見を述べてください」みたいなトークの練習をさせてくれた。

とりあえずここまで。 他も受けたらおいおい追記します ʕ◔ϖ◔ʔ

scipyのcluster.hierarchy

"ValueError: Linkage 'Z' uses the same cluster more than once."



だいたいnanかinfエラー。おぼえました゚゚・✿ヾ╲(。◕‿◕。)╱✿・゚:✲:

Matplotlibの中身

中身をよくわからずに使っているものベスト3に入るであろう

pythonのmatplotlib。
(他はなんだろう、今はmatlabとpythonのpandasかな。)

ArtistのAPIについて読むとちょっとわかるようになった気がする。
https://matplotlib.org/users/artists.html


axオブジェクトの特殊なもの(当分割されたax)がadd_subplotであると書いてあってなるほど。
lineなどはaxオブジェクトがlistで持っている。

primitiveをいじりたくなったら、上のページから該当するオブジェクトの関数を叩けばよさそう。

2018年!!!

昨年は、D論審査から始まり、とにかくいろいろな初めてがあった年でした。


研究者としてはいろいろな技術を身につけ、新しい環境・新しいコミュニティで、
新しいことに挑戦した年でした。


でも論文としてはいまだまとまっていないので、
今年は速攻で今のリバイス?を終えて、
たまってることもさくさく論文にして(=できるような力を身につけて)、

挑戦した新しいことをちゃんと結果に残して、
お世話になっているいろいろな人にも恩返しがしたいし、

もっともっといろいろなことに挑戦して、
いいサイエンスがしたーーーーーーい!!!゚゚・✿ヾ╲(。◕‿◕。)╱✿・゚:✲:



がんばります!!!

効率的な実験環境も構築したいところ!!!



ところでWindowsのアップデートするたんびにdvorak用に設定したレジストリが初期化されるんだけど、あれなんとかならんかね。。
いちいち直すのめんどくさいよ〜(´・ω・`)