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https://sourceforge.net/projects/pymol/ ここのやつ。 結局私がしたことは buildを消す （fatal: Not a git repositoryのエラーに対して） monkeypatch_distutils.pyの-std=c++0xのところに-stdlib=libc++を書き足す （no type named std::shared_ptr in namespace stdのエラーに対して） しかし、より早く落ちるようになっただけだった。 Guestでログインしたら普通に動いたので、なんらかのusrデータとのinconsistencyのせいみたいなんだけど原因不明。。

 こんなエラーがでた↓  File "hogehoge/python3.5/site-packages/scipy/optimize/lbfgsb.py", line 193, in fmin_l_bfgs_b     **opts)   File "hogehoge/python3.5/site-packages/scipy/optimize/lbfgsb.py", line 321, in _minimize_lbfgsb     isave, dsave, maxls) TypeError: failed to initialize intent(inout|inplace|cache) array -- input must be array but got (null) C https://github.com/scipy/scipy/issues/5832 こういう回答を見て 最終的に返り値のgradの方を、一変数に関する最適化だけれどアレイで返したら動くようになった。 どうも最適化のためにFortranに渡されるときに、始めて型がちゃんと評価されてエラーがでるようなので、わかりづらい。 しかし、実装はかわってないはずなのに、リファクタリングしたら突然エラーが出るようになったのはなぜ...？？？ ʕ◔ϖ◔ʔ